福建师范大学海峡两岸文化发展协同创新中心与两岸文化发展研究中心为“两位一体”的学术研究机构，是省级“2011计划”中心，同时是国家“2011计划”两岸关系和平发展协同创新中心的分支机构之一，成立于2013年。中心以弘扬中华文化传统、增强两岸文化认同、促进祖国和平统一为宗旨，以两岸关系和平发展和文化交流合作的重大需求为导向，以提升人才、学科、科研三位一体的创新能力为核心任务，整合校内7个一级学科博士点、3个国家人才培养基地和教育部人文社会科学重点基地闽台区域研究中心的学科优势，聚集两岸文化传承发展的创新要素，建构了两岸文教机构与学者实质性合作、多学科交融的协同创新体制和运行机制。
中心高度重视人才队伍建设，已形成一支素质优良、结构合理、爱岗敬业的研究队伍。现有专兼职研究人员33人，其中高级职称人员30人，国务院学位委员会学科评议组成员2人，国家级教学名师1人，中宣部“四个一批”人才1人，省高校领军人才3人、省特支人才“双百计划”3人，省优秀人才“百人计划”2人，闽江学者特聘教授1人;参与中心科研、桥接项目的台湾专家21人;已获批建立台湾文化研究交叉学科博士点，招收培养博士后3名、博士生11名、硕士生42名。
依托多学科交融的优势和高素质的师资队伍，中心的教学科研水平不断提升。获国家级项目9项和部级项目6项，其中国家社科基金重大招标项目和教育部重大攻关项目3项，出版学术专著35部，发表CSSCI期刊论文60余篇，被采纳决策咨询报告5篇，获国家级教学成果二等奖1项，教育部社科奖一等奖1项、二等奖3项;省级社科奖一等奖9项、二三等奖17项。