台湾历史研究所由13名研究人员组成，发展方向为：一、立足于从中国史的视角研究台湾史，求真务实，把握台湾历史发展与大陆之间的渊源关系；二、推动两岸历史研究学界的交流与对话，推动两岸学术互动与沟通；三、以历史研究为基础，促进两岸民众对历史认知共识的达成与社会融合发展，服务于国家统一大局。

所长：郭满

主要成员：杨彦杰（专家）、邓孔昭（专家）、吴巍巍、刘凌斌、林啸、颜郡、张遂新、李非凡、黄继朝、张振楠、吴思捷、郭丽超、俞伦伦、赵璟珩。