2004年12月，九州出版社与厦门大学出版社联合出版了福建师范大学闽台区域研究中心策划编辑、陈支平教授主编的《台湾文献汇刊》。该汇刊所录包括了:“郑氏家族与清初南.明相关史料”、“康熙统一台湾史料”、“闽台民间关系族谱”、“台湾相关诗文集”、“台湾舆地资料”、“台湾事件史料”、“林尔嘉家族及民间文书资料”等7个专辑，凡157种(不含附作)、100册。该《汇刊》的史料搜集与编纂，历时十年，在《台湾文献丛刊》的基础上,汇录了大量明清以来有关台湾的专题史料、诗文别集、地方志乘、档案数据、族谱契约、民间文书等等。该《汇刊》的整理出版被列为中国“十五”出版重点规划项目、中央对台宣传重点项目、全国古籍整理出版规划项目、全国高等院校古籍整理研究项目等。2005年，荣获福建省第六届社会科学优秀成果特别奖; 2006年，被选为时任中共中央总书记、国家主席胡锦涛访美馈赠耶鲁大学的国礼之一。
《台湾文献汇刊》在编纂的过程中，由于时间与篇幅等因素的局限，尚有许多知见的有关珍稀史料未能一并编入。在该《汇刊》正式出版之际，编委会就作出了再用10年的时间继续搜集、整理、编纂《续编》的规划，并随即开始了具体的实施。福建师范大学副校长汪文顶教授、福建师范大学两岸文化发展研究中心主任王耀华教授、《台湾文献汇刊》主编陈支平教授等，委方宝川教授与谢必震教授以重任，共同主持《台湾文献汇刊续编》的编纂工作。
本《续编》的内容分为:“诗文别集”、“平台、抚台文献史料”、“台湾舆志风俗”、“公私文书、契约”、“二二八’事件史料”、“台湾近代教育资料”、“谱牒家乘”、“稀见台湾刊物汇编”等8个专辑，凡161种(不含附作)精装100册，再次汇录了大量明清以来有关台湾的诗文集、专题文献史料、舆志风俗、公私文书、民间契约、谱牒家乘、稀见台湾刊物等等。